El tratamiento con inmunoterapia consta de dos fases: una de inicio en la que se aplican dosis crecientes del alérgeno hasta alcanzar la dosis óptima de tratamiento. Después se pasa a la fase de mantenimiento de dicha dosis, que en la inmunoterapia subcutánea suele ser mensual.

En la inmunoterapia subcutánea el período de iniciación suele ser semanal (pauta convencional). Cuando interesa alcanzar precozmente la dosis de mantenimiento se pueden poner varias dosis en un día a intervalos semanales (pautas agrupadas) o todas las dosis en pocos días (pautas rápidas y ultrarrápidas).

La fase de mantenimiento consiste en la repetición de la última dosis alcanzada en la fase de iniciación, generalmente con una frecuencia mensual. En algunos casos de alergia a pólenes la vacuna se interrumpe cada año para volver a reintroducirla el año siguiente, transcurrido el periodo de polinización (pautas preestacionales).

Tras la administración del extracto el paciente debe permanecer en el centro durante al menos 30 minutos para comprobar la buena tolerancia y tratar los eventuales efectos adversas en caso de que se presenten, que mayoritariamente son reacciones locales en la zona de la punción en forma de rojez, picor, dolor, inflamación. Las reacciones locales ceden con la aplicación de hielo local o la administración de un antihistamínico oral. Excepcionalmente pueden presentarse reacciones generales o sistémicas, y para asegurar un correcto y precoz tratamiento de este tipo de reacciones se recomienda administrar siempre la inmunoterapia en un centro médico y permanecer siempre 30 minutos en observación tras la administración. Así mismo se aconseja no realizar ejercicio físico intenso ni tomar baños con agua caliente o saunas en las 3 horas siguientes a la aplicación.
En la inmunoterapia sublingual la fase de inicio consiste en la aplicación de gotas sublinguales o comprimidos todos los días, incrementando la dosis (número de gotas) en días sucesivos. El mantenimiento suele ser diario, aunque hay preparados que permiten su aplicación a días alternos o tres días por semana. La inmunoterapia sublingual se administra en el domicilio del paciente y no es necesario acudir al Servicio de Alergología, salvo en el caso de algunas extractos determinados.